Ustaz Abu Bakar al-Baqir atau dikenali juga Syeikh Abu Bakar al-Baqir berketurunan Jawa. Datuknya berasal dari Kendal, Jawa Tengah.Haji Abdul Jabbar, datuknya ialah orang pertama daripada keluarganya yang datang menetap di Gunung Semanggol lebih kurang 1850-an . Haji Abdul Jabbar untuk pertama kalinya tinggal di Klang, Selangor, kemudian pindah ke Kuala Kurau, [Perak]], untuk akhirnya pindah dan menetap di Gunung Semanggol. Kehidupan mereka adalah dari bercocok tanam dan bersawah. Haji Abdul Jabbar meninggalkan tanah sawah sebagai pusaka kepada anaknya, Mohd. Said, iaitu bapa kepada Syeikh Abu Bakar al-Baqir. Dan sawah inilah kemudian menjadi penyara hidup Mohd. Said. Sebagai keluarga petani hidup mereka amat sederhana. Mohd. Said mendidik tiga orang puteranya, Muhyuddin Mohd. Said, Abu Bakar Mohd. Said, dan Abdullah Mohd. Said dengan didikan Islam dan mengajar mereka pengetahuan Islam. Demikian juga anak-anak perempuannya, Aisyah Mohd. Said, Saudah Mohd. Said, dan Hafsah Mohd. Said dididik dengan didikan agama.